Liman vergisi genellikle bilet fiyatına dahildir. Ancak Ferryhopper seferlerinin bazılarında liman vergisi ücreti limanda ayrıca alınır. İlgili rotalar aşağıdaki gibidir:
| Rota | Liman | Liman Vergisi | Feribot Firması |
| Fethiye-Rhodes-Fethiye | € 12.00 | Sky Marine | |
| Ayvalık-Mytilene | Ayvalık | € 4.57 | Ugur Jale |
| Ayvalık-Mytilene | Ayvalık | € 4.57 | Jalem Tur |
| Bodrum-Kos | Bodrum | € 8.29 | Sky Marine |
| Kos-Bodrum | Kos | € 8.29 | Sky Marine |
| Ayvalık-Mytilene | Ayvalık Pass | € 4.57 | Turyol |
| Ayvalık-Mytilene | Ayvalık Veh | € 11.43 | Turyol |
| Ayvalık-Mytilene | Ayvalık Moto | € 8.00 | Turyol |
